La Deputazione Amministrativa è composta dal Presidente e da otto membri eletti, fra i componenti del Consiglio dei Delegati. Ai sensi dell'art.24, comma 3 della Legge Regionale 34/1994 e s.m.i., i membri della Deputazione appartengono per il 51% ai membri eletti dai consorziati e per il 49 % ai membri nominati dall'Ente delegato.

Le funzioni della Deputazione Amministrativa sono quelle indicate all'art. 26 dello Statuto consortile.

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Gli Organi consortili eletti l'11 dicembre 2005 sono cessati a seguito della naturale scadenza del loro mandato, a partire dal 1 gennaio 2011, le relative funzioni sono affidate transitoriamente al Commissario Straordinario individuato nella persona del Presidente uscente Paolo Bargellini, in applicazione dell'art.2 della Legge Regionale 5 agosto 2010 n. 47 "Disposizioni transitorie in materia di organi dei consorzi di bonifica".